Компьютерное прогнозирование рака поджелудочной железы

Клетки могут приобретать тысячи различных изменений ДНК, но в действительности лишь немногие из этих изменений могут привести к раку. Определить, какие из этих изменений являются причиной злокачественного новообразования, является сложной задачей. Один подход к поиску вызывающих рак генов заключается в том, чтобы выявлять те, которые значительно изменяют ДНК, чем остальные.И потому, что некоторые гены виновника не содержат много изменений, компьютерная программа была разработана, чтобы обнаружить важные изменения. Исследователи из Университета Джонса Хопкинса Sol Goldman изучили центр последовательности ДНК в опухолях поджелудочной из 24 больных и сравнили их с ДНК последовательности от здоровых тканей тех же пациентов. Сравнение показало много видов изменений ДНК. Однако, было 963 изменений ДНК определенного типа, что является настолько уникальным для рака поджелудочной железы, что группа решила сосредоточить здесь свое внимание. Последовательность данных была передана для оценки. «Наша роль во всем этом, чтобы попытаться определить, какая из этих мутаций стоит инвестиций ресурсов, денег и времени в наши лаборатории в будущем «, говорит Картер. Исследователи разработали компьютерную программу, перечисляя все отдельные генетические изменения. Предположительно вызывают рак и другие мутации генов. Программа затем использует 70 различных функций прогнозируемого для каждого ДНК изменения, такие как ДНК и структура белка — в результате, для определения любого из отличительных характеристик мутации — те изменения ДНК, которые способствуют раку — по сравнению с другими генетическими изменениями. Как только была задана команда компьютерной программы, которая могла бы успешно проводить различие между ДНК и выявить изменения,которые вызывают рак или нет, они использовали ее для оценки 963 изменений найденных в клетках рака поджелудочной железы. Программа дала каждому из 963 изменений ДНК названия. «Наши результаты могут помочь для экспериментов, чтобы увидеть, насколько важны эти изменения ДНК действительно при раке поджелудочной железы и действительно ли они хороши для лекарственных препаратов лечения рака «, говорит Karchin. Дополнительные авторы рукописи Josue Самайоа из Университета Джона Хопкинса Ральф и H. Hruban из Университета Джонса Хопкинса Школа медицины. Работа выполнена при поддержке за счет средств от Национального научного фонда, Национального института рака.

Источник: Johns Hopkins Medicine Джона Хопкинса медицина